Y kromozomu, erkekliğin sembolü olarak bilinirken sadece güçlü ve dayanıklı olmasıyla birçok işlev görülüyor. Embriyonun cinsiyetinin belirlenmesiyle önemli etken olurken SRY'yi taşırken Y kromozomlarında diğer kromozomlarla kıyaslanarak tek kromozomlu olarak erkekler için yeni sürecin başladığına işaret ediliyor.
X kromozomu, erkeklerde ise bir X ve daha zayıf bir Y kromozomu kalmıştır. Bilim insanları, bu dejenere olma sürecinin olmasıyla beraber Y kromozomunun hepsinin bitirilmesi 4,6 milyon yıl olduğunu yönünde tahminler yapıldı. Son araştırmalar üzerine Y kromozomunun bazı koruyucu mekanizmalara bakılarak Danimarka'da yapılan çalışmalar üzerine Y kromozomunun genler üzerine büyük yapısal değişikliler eğilimli olurken Y kromozomunun palindrom adı verilen özel yapılar geliştirilerek gen kayıpları azalarak mekanizmalar geliştirildi.
Y kromozomunun tamamen yok olacağı bu durumun doğurganlık sorunlarına neden olması yönünde iddialar ortaya atıldı. Erkeklerinde hamile kalabileceği yönünde bilgiler ortalıkta gezinirken Y kromozomunun işlevi değiştirilerek kadın çiftlerin veya kısır erkeklerin yardımlı üreme teknikleriyle gebe kalmasının mümkün olduğu düşünülüyor.
